Как оказалось, изначально Конфедерация являлась действительно союзом независимых государств, каждое из которых сохраняло суверенитет, и делегировало КПС сравнительно немного функций. Правительства всех подписавших Хартию систем, устав от ужасов войны всех против всех, единогласно решили сделать все, чтобы такого больше не повторилось. И первым делом подчинили Комиссии Присоединившихся Систем вооруженные силы, межсистемный транспорт и связь. Всем остальным, по сути, продолжали заниматься правительства каждой из отдельно взятых систем - на каждой из обитаемых планет человеческого сектора галактики наука, промышленность, культура шли своими путями.

Некоторое время новая система межгосударственных взаимоотношений устраивала всех: центральный орган Конфедерации не обладал непосредственной юрисдикцией над гражданами каждой из отдельных систем, каждое решение КПС утверждалось центральными органами каждого государства и у каждого из ее членов не возникало никакой зависимости от центра. Однако постепенно ситуация начала меняться: сначала КПС подмяла под себя силовые структуры, аргументировано доказав, что борьба с разгулом послевоенной преступности требует максимально профессионального подхода. И создала Министерство Безопасности Конфедерации. Чуть позже появились министерства образования, перспективного планирования и развития, науки, юстиции…

Последний удар по независимости каждой из систем нанесло постановление об упразднении института гражданства, подписанное через два года после первого вторжения Циклопов. В принципе, определенная логика в упразднении этого института всетаки была: огромное количество беженцев с Окраины, перепуганные страшным врагом и началом новой войны, переселялись в Метрополию, и для их ассимиляции на новом месте жительства требовался некий механизм. Речь Председателя КПС, произнесенная на очередном съезде представителей стран - членов Конфедерации, была жутко эмоциональна.